「最終三部作Ⅰ 皇帝の降臨 ー暗黒宇宙大皇帝エンペラ星人 無双鉄神インペライザー登場ー」
『ウルトラマンメビウス』第48話
2007年3月17日放送（第48話）
脚本 長谷川圭一
監督 アベユーイチ
特技監督 菊地雄一
暗黒宇宙大皇帝エンペラ星人
身長 56m
体重 4万9千t
自らを「宇宙に君臨する皇帝」と称する。
世界主要国の首都に13体のインペライザーを送り込み、地球人自らの手でメビウスを追放しろと命じた。
無双鉄神インペライザー
身長 60m
体重 6万t
GUYSスペーシーの防衛ラインを突破し、13体が世界主要国の首都に降り立った。圧倒的な火力で街を破壊していく。
1体目はバーニングブレイブに変身したメビウスのバーニングメビウスピンキックで、2体目はガンフェニックスストライカーのインビンシブルフェニックスで、3体目はバーニングブレイブに変身したメビウスのバーニングメビュームダイナマイトで倒された。
しかし、一体が倒されても空間転移で別のインペライザーがきり無く送り込まれてくる。
今回は量産型だからか以前にあった再生能力は無くなっているようだ。
「メフィラスの遊戯 ー宇宙礫岩怪獣グロマイト 悪質宇宙人メフィラス星人登場ー」
『ウルトラマンメビウス』第47話
2007年3月10日放送（第47話）
脚本 小林雄次
監督 アベユーイチ
特技監督 菊地雄一
ウルトラマン
身長 40m
体重 3万5千t
メフィラス星人の暗躍を見抜きながらも子供達を人質に取られて静観する事になる。その後、メビウスとCREW GUYSがメフィラス星人の罠を乗り越え、メフィラス星人が自分の定めたルールを自ら破ったのを見て参戦する。
スペシウム光線や追尾型の八つ裂き光輪で互角以上の戦いを展開し、メフィラス星人の敗北を宣告する。
戦いが終わった後、ミライにウルトラ兄弟が地球を離れる事を伝える。
悪質宇宙人メフィラス星人
身長 60m
体重 2万t
暗黒四天王の一角たる「知将」。
メビウスに人間の心を懸けた一対一の戦いを挑む。
宇宙船から発する電波で人々のメビウスに関する記憶を自分に置き換え、ウルトラマンを侵略者に、自分を地球の守護者にした。
CREW GUYSにメビウスを倒させようとするが失敗。激昂して自ら倒そうとしたところを初代マンに止められる。
戦いが終わった後、地球を去ろうとしたところを皇帝に粛清された。
宇宙礫岩怪獣グロマイト
身長 55m
体重 5万t
地上に現れて火球を吐くが、メフィラス星人に火球を撥ね返され、グリップビームで倒された。
「不死身のグローザム ー冷凍星人グローザム登場ー」
『ウルトラマンメビウス』第46話
2007年3月3日放送（第46話）
脚本 川上英幸
監督・特技監督 村石宏實
ウルトラセブン
身長 40m
体重 3万5千t
メビウスがグローザムに敗北したのを受けて、CREW GUYSにかつてのウルトラマン達と人間達の関係を、メビウスに仲間を信じる事を伝える。
メビウスを復活させようとするCREW GUYSを援護しグローザムと戦う。
アイスラッガーでグローザムを真っ二つに斬り、メビウスのメビュームシュートと同時にエメリウム光線を発射してグローザムを粉々にした。
冷凍星人グローザム
身長 2m～52m
体重 200kg～2万t
暗黒四天王の一角たる「豪将」。
メビウスを真正面から倒して強さを見せつけ人々の戦意を挫いた。
口から吐く冷気でメビウスを氷結した。本人曰く、本気を出せば地球全てを氷結させる事も可能。
メビウスを人質に他のウルトラ兄弟を誘き寄せて倒そうとした。
たとえ粉々になっても復元する事が出来、「俺は不死身だ！」が口癖。
メビウスのメビュームシュートとセブンのエメリウム光線を同時に受けて粉々になったところをガンローダーのマクスウェル・トルネードの熱風を受けて倒された。
劇中では語られていないが、3万年前に起きたウルトラ大戦争にも参加していたらしい。
悪質宇宙人メフィラス星人
身長 60m 体重 2万t
暗黒四天王の一角たる「知将」。人間を侮ってはいけないとグローザムに忠告する。
マケット怪獣ファイヤーウィンダム
身長 ミクロ～40m
体重 0～1万1千t
火力マックスでの攻撃をグローザムに押し返される。
グローザムを飛び越え着地してからの振り向きざまシュートがカッコ良い。
マケット怪獣リムエレキング
身長 40cm
体重 4kg
初めて一人でガンローダーを操縦する事になったコノミの前に現れて緊張をほぐす。
「デスレムのたくらみ ー策謀宇宙人デスレム登場ー」
『ウルトラマンメビウス』第45話
2007年2月24日放送（第45話）
脚本 太田愛
監督・特技監督 村石宏實
ウルトラマンジャック
身長 40m
体重 3万5千t
状況によって態度を変える市民に不信感を募らせるミライの前に現れて地球と人間について語る。
その後、ウルトラVバリヤーでデスレムの火球からフェニックスネストを守り、最後はメビュームバーストに合わせてスペシウム光線を撃ってデスレムを倒した。
策謀宇宙人デスレム
身長 55m
体重 1万5千t
暗黒四天王の一角たる「謀将」。
月面から帰還中だったフェニックスネストを強襲してCREW GUYSを人質に取るとメビウスに完全なる敗北を迫る。
時空を歪ませて天空から地上に無数の火球を降り注がせる事が出来る。
市民がメビウスとCREW GUYSを批難するように仕向けて、メビウスと人間の絆や信頼を断ち切ろうとしたが、CREW GUYSの覚悟とジャックの出現によって形勢逆転され、最後はバーニングメビウスのメビュームバーストとジャックのスペシウム光線を続けて受けて倒された。
劇中では語られていないが、3万年前に起きたウルトラ大戦争にも参加していたらしい。
冷凍星人グローザム
身長 2～52m
体重 200kg～2万t
暗黒四天王の一角たる「豪将」。メフィラス星人と共にデスレムの戦いを見守る。
悪質宇宙人メフィラス星人
身長 60m
体重 2万t
暗黒四天王の一角たる「知将」。グローザムと共にデスレムの戦いを見守る。
「エースの願い ー異次元超人巨大ヤプール 満月超獣ルナチクス登場ー」
『ウルトラマンメビウス』第44話
2007年2月17日放送（第44話）
脚本 長谷川圭一
監督 小原直樹
特技監督 菊地雄一
ウルトラマンエース
身長 40m
体重 4万5千t
地球からメビウスとCREW GUYSを見守っていて、マリナに時空波の発信源の破壊方法を伝えると、自身は石柱の用心棒であるルナチクスをメタリウム光線で倒した。
又、自身の過去を踏まえてミライに仲間との絆を教え、メビウスが再びバーニングブレイブに変身して巨大ヤプールに勝利するきっかけを与えた。
戦いが終わり、ミライに自身の変わらぬ願いを伝えた後、南夕子との再会を果たす。
異次元超人巨大ヤプール
身長 50m
体重 8万2千t
ミライ、アヤ、ヒルカワを異次元に落とし、ヒルカワを通してミライに人間の醜さを突き付け絶望させようとした。
念動力を駆使し、右手の鎌から光波を撃ち出す。
バーニングブレイブに変身できないメビウスを追い詰めるが、星司の言葉からCREW GUYSと離れていても心は繋がっている事を実感したミライがバーニングブレイブに変身すると、そのまま逆転のメビュームバーストを受けて倒された。
最後に自分が敗れても偉大なる皇帝に仕える暗黒四天王がまだ3人残っている事を告げ、破滅の未来で待っていると捨て台詞を吐いて爆発した。
満月超獣ルナチクス
身長 58m
体重 6万3千t
かつて月の文明を滅ぼした超獣の別個体で、月面に到達した時空波の発信源を守る用心棒。
口から白い煙とマグマ火炎を吐き、切り札として目玉を爆弾にして撃ち出す事が出来る。
CREW GUYSの援護に現れたエースのメタリウム光線を受けて倒された。
冷凍星人グローザム
身長 2～52m
体重 200kg～2万t
ヤプールが倒されたのを受けて次は自分の出番だと名乗りを上げるが、既にデスレムに抜け駆けされた後だった。
悪質宇宙人メフィラス星人
身長 60m
体重 2万t
出撃しようとするグローザムに向かって既にデスレムが出た事を告げる。
「脅威のメビウスキラー ー宇宙同化獣ガディバ 異次元超人巨大ヤプール 異次元超人メビウスキラー登場ー」
『ウルトラマンメビウス』第43話
2007年2月10日放送（放映第43話）
脚本 赤星政尚
監督 小原直樹
特技監督 菊地雄一
異次元超人巨大ヤプール
身長 50m
体重 8万2千t
新たに暗黒四天王の「邪将」を拝命する。皇帝には忠誠を誓っているらしく、メビウスを殺して地球を皇帝に献上すると発言している。（その後に残りの暗黒四天王を超獣に改造して自分の支配下にすると言っているが）
怨念を晴らすまでいくらでも甦る執念深い性格。
封鎖されたはずの異次元ゲートを使って出現し、かつて超獣ガランと関わった怪奇漫画家・久里虫太郎に酷似した姿で街中で風船を配っていた。
時空波の発信源を使ってCREW GUYSを宇宙に誘導した隙にエースキラーをメビウスと戦わせ、さらにガディバの得たデータからエースキラーをメビウスキラーにカスタマイズする。
宇宙同化獣ガディバ
身長 不定
体重 不定
前回の戦いで採取したメビウスのデータを使ってエースキラーをメビウスキラーにカスタマイズする。
異次元超人メビウスキラー
身長 40m
体重 4万3千t
ヤプールがガディバのデータを使ってエースキラーをカスタマイズした。
メビウスバーニングブレイブのデータを持っている為、メビュームシュートとメビュームブレードの他、メビュームバーストも使用できる。
CREW GUYS不在でバーニングブレイブに変身できないメビウスを追い詰めるが、最後はメビウスが起死回生で繰り出したメビュームダイナマイトで倒された。
策謀宇宙人デスレム
身長 55m
体重 1万5千t
暗黒四天王の一角たる「謀将」。ヤプールの行為を「抜け駆け」と非難する。
冷凍星人グローザム
身長 2～52m
体重 200kg～2万t
暗黒四天王の一角たる「豪将」。ヤプールが暗黒四天王に加わった事に疑問を呈する。
悪質宇宙人メフィラス星人
身長 60m
体重 2万t
暗黒四天王の一角たる「知将」。暗黒四天王内の対立を宥めつつ、戦況を冷静に見守る。
「旧友の来訪 ー宇宙同化獣ガディバ どくろ怪獣レッドキング 古代怪獣ゴモラ登場ー」
『ウルトラマンメビウス』第42話
2007年2月3日放送（第42話）
脚本 谷崎あきら
監督 佐野智樹
特技監督 鈴木健二
ゾフィー
身長 45m
体重 4万5千t
ウルトラ兄弟の一人で宇宙警備隊の隊長。
地球に常駐した事は無いが、冥王星の軌道上で侵略者の地球侵攻を阻止していた。
いずれ地球人が自分達と同じように宇宙に進出する事を期待し、それまでは自分達が守護していく事をサコミズに告げる。
宇宙同化獣ガディバ
身長 不定
体重 不定
同化した怪獣の生体情報を複製し再現する事が出来る宇宙生物。
黒ずくめの男に使役されていて、レッドキングとゴモラと同化し、メビウスに戦いを挑む。
CREW GUYSの援護を受けたメビウスバーニングブレイブに敗れるも必要な情報を手に入れて黒ずくめの男に回収された。
どくろ怪獣レッドキング
身長 45m
体重 2万t
多々良島に現れた地球怪獣だが実はガディバに同化されていた。
筋力、瞬発力、強靭さの全てにおいて過去に出現した個体を上回っている。
これと言った弱点は無いが大型生物共通の急所として足が弱い。
岩石を投げ飛ばし、瞬発力を生かして大きくジャンプする。
メビウスのメビュームシュートで倒されたが……。
『マックス』の「出現、怪獣島！」「爆撃、5秒前！」のレッドキングの着ぐるみを使用している。
古代怪獣ゴモラ
身長 40m
体重 2万t
南太平洋のジョンスン島に現れた地球怪獣。ここ最近では日本以外に地球怪獣が現れた初の事例となった。
既にガディバに同化されていて、メビウスに倒されたレッドキングがガディバの黒いオーラに覆われてゴモラに姿を変えた。
スペシウム弾頭弾で切断された尻尾も暴れてメビウスに襲いかかる程の生命力を誇る。
尻尾をガンブースターのガトリング・デトネイターで粉砕され、本体もガンフェニックスストライカーのインビンシビルフェニックスとメビウスバーニングブレイブのメビュームバーストを受けて倒された。
『マックス』の「地底からの挑戦」のゴモラの着ぐるみを使用している。
マケット怪獣リムエレキング
身長 40cm
体重 4kg
タケナカ最高総議長の前に現れて、CREW GUYSの肝を冷やした。
「思い出の先生 ー硫酸怪獣ホー 円盤生物ロベルガー二世登場ー」
『ウルトラマンメビウス』第41話
2007年1月27日放送（第41話）
脚本 川上英幸
監督 佐野智樹
特技監督 鈴木健二
ウルトラマン80
身長 50m
体重 4万4千t
地球に再び発生する可能性が出たマイナスエネルギーの調査中にロベルガー二世と遭遇し、メビウスと一緒に撃破する。
その後、マイナスエネルギーの怪獣であるホーの出現を受けて桜ヶ岡中学校に現れ、かつての教え子達からの言葉を受け、四半世紀前に教師を辞める事になった経緯を自分の口から伝えるべく再び矢的猛の姿になって教え子達の前に立った。
戦いではウルトラスパイラルビーム、ウルトラレイランス、サクシウム光線、バックルビームを使う。
四半世紀前の地球での活躍が認められてウルトラ兄弟の一人になっていた。
円盤生物ロベルガー二世
身長 55m
体重 1万9千t
以前に現れた個体とは頭部の角の数や体色が異なる。
マイナスエネルギーの調査をしていた80に発見され地球で戦う事になる。
強力破壊光弾で攻撃するも、メビウスのメビュームシュートと80のサクシウム光線を受けて倒された。
「二世」と言うのが昭和っぽくて懐かしい。
「仲間達の想い」のロベルガーの着ぐるみを改造している。
硫酸怪獣ホー
身長 50m
体重 2万80t
目から硫酸の涙を撒き散らし、口から強力な硫酸光線を吐く。
GUYSの攻撃は全て擦り抜けるが、ウルトラマンの攻撃は当たる。
最初はメビウスと戦っていたが、80が現れると自らバックルビームを受けて成仏した。
以前の個体は失恋した少年の心とマイナスエネルギーが同調して出現し、今回の個体も廃校になる桜ヶ岡中学校のマイナスエネルギーによって出現したと考えられたが、80が現れた時の嬉しそうな反応やバックルビームを受けて笑顔で消えた姿から、桜ヶ岡中学校が80と生徒達を再会させたくて呼び出した怪獣だったのではないかと考えられるようになった。
「ひとりの楽園 ー宇宙植物怪獣ソリチュラ 宇宙植物怪人ソリチュラン登場ー」
『ウルトラマンメビウス』第40話
2007年1月20日放送（第40話）
脚本 朱川湊人
監督・特技監督 小中和哉
宇宙植物怪獣ソリチュラ
身長 50m
体重 2万t
光球の状態で地球に落下し、触手を伸ばして周囲の木々と同化して植物怪獣となった。無数の花を咲かして落とし白いフードの男（ソリチュラン）を生み出す。
ソリチュランを介して寂しい想いをしている人間を取り込んでいき、最終的には地球上全ての生物と同化して地球そのものになろうとする。
花粉と蔦と地下茎を使って戦うが、メビュームブレードで真っ二つに斬られた後、メビュームシュートで焼き尽くされた。
花粉にはソリチュラ化合銀と呼ばれる物質が含まれていて、『80』の「怪獣の種飛んだ」に登場した植物もどき怪獣ゾラにも同じ物質が含まれていたらしい。
名前の由来は「孤独」と言う意味の「solitude」から。
宇宙植物怪人ソリチュラン
身長 175cm
体重 75kg
ソリチュラの咲かした白い花から生まれた。
頭の花弁から神経を麻痺させる花粉を飛ばし、蔦で相手を捕らえる。
白いフードの男として街を徘徊し「植物怪人」と言う都市伝説を作っていた。
「無敵のママ ー憑依宇宙人サーペント星人ー」
『ウルトラマンメビウス』第39話
2007年1月13日放送（第39話）
脚本 朱川湊人
監督・特技監督 小中和哉
憑依宇宙人サーペント星人
身長 158cm～48m
体重 48kg～2万4千t
「偉大なる計画」を遂行する為にM9球状星雲からやって来た宇宙人で、計画の邪魔になるGUYSを壊滅させようとした。
体組織の90％以上が純度の高い水分で構成されているナメクジのような生き物で、大気中の水分を絶え間無く取り込む事で破壊された部位を瞬時に再生させる事が出来る。
複数の仲間が集まって巨人に変身する。巨大化するとデザインが変わる。人間大の時は腕に付けられた装置から、巨大化すると腕そのものから光弾を発する。
リーダー格は交通事故で命を落としたGUYS食堂に勤める日ノ出サユリの体を乗っ取ってフェニックスネストのメインシステムを破壊しようとした。空間転移装置で仲間を呼び寄せるが、逆にサユリに体を逆に乗っ取られてしまった。残りの仲間は巨人に変身するがCREW GUYSが撒いた金属火災用消火弾（塩化ナトリウム）を浴びて体組織が破壊されたところをメビュームブレードで粉々に斬り砕かれた。